Con respecto a tus aclaraciones en la pregunta, se dice que en el Universo existe un vacío porque no existe presión; físicamente, y en el sentido de tu pregunta, el vacío es debido a la falta de presión atmosférica.
El Universo contiene una gran cantidad de partículas, desde la perspectiva de la física cuántica también existe algo denominado antimateria (que pese a su nombre, no es algo maligno o que esté en contra de la materia), que son partículas que carecen de masa pero que tienen carga eléctrica... ¡Por sorprendente que parezca!
En la misma relación a tu pregunta, en el comercio hay expresiones como "el sellado al vacío", o esterilizado al vacío, que se refieren, de igual forma, a la falta de presión (debida a la atmósfera) en la realización de un proceso.
Las ondas electromagnéticas se dice que viajan a través del vacío porque para su propagación no se necesita de un "medio" por el cual se transmitan. En cambio, las ondas eléctricas y mecánicas necesitan de un medio para viajar (un cable, o algo con exceso de carga, el aire o el agua, la tierra, etc.). El sonido, las ondas de choque de temblores, etc. se consideran ondas mecánicas.
Los campos de gravedad son debidos a la masa, y la gravedad es una fuerza de atracción que sólo necesita de dos cuerpos con masa para que sus efectos sean visibles o medibles.
El "espacio-tiempo" es sólo un concepto físico y matemático, también existen relaciones como "frecuencia-distancia", "distancia-tiempo", etc.
Ya que si preguntas, conceptualmente, QUÉ ES EL VACÍO, en el diccionario viene la definición siguiente: "Adj. la ausencia o falta de algo". Así se puede hablar de cajas vacías de fruta, de carteras vacías de dinero, de corazones vacíos de amor, de cabezas vacías de cerebro, de estómagos vacíos de alimento, de vasos vacíos de agua (aunque llenos de aire), etc.
Inclusive, se puede hablar, en el sentido de la definición de la palabra "vacío", en forma parcial: "El vaso está medio vacío (jajaja, o medio lleno)". Cosa que gramaticalmente recibe un nombre.